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初级合作社和高级合作社最根本的区别是性质。初级合作社一般指初级农业生产合作社，是以主要生产资料私有制为基础的农民合作的经济组织，而高级合作社一般指高级农业生产合作社，是以主要生产资料集体所有制为基础的农民合作的经济组织。

初级农业生产合作社的特点是土地入股，耕畜、农具作价入社，由社实行统一经营；社员参加集体劳动，劳动产品在扣除农业税、生产费、公积金、公益金和管理费用之后，按照社员的劳动数量和质量及入社的土地等生产资料的多少进行分配。

初级农业生产合作社的分配次序为：1、交纳农业税；2、扣除生产费；3、提取公积金、公益金；4、支付社员土地、林木、牧畜报酬和租种土地的租金；5、扣除前四顶支出后的剩余部分，按劳动日分配给社员。

高级农业生产合作社通常是把劳动力，土地，耕畜，农具固定给生产队使用；有的还对生产队实行包工、包产和超产奖励的责任制度。有的还把包投资作为生产责任制的重要内容之一，形成了高级农业生产合作社时期实行的包工、包产、包成本和超产奖励制度，再加上劳动力、土地、耕畜、农具固定给生产队使用的制度，统称为“三包一奖四固定”制度。